Pencil es una herramienta de código abierto y multiplataforma con la que es posible dibujar y generar animaciones en 2D, no pretende competir con Flash, pese a que las animaciones están basadas en fotogramas clave y distintas capas. A diferencia de Flash, en Pencil es necesario dibujar a mano cada uno de los cuadros que componen la animación.
Lo podes descargar por aca: http://www.pencil2d.org/